Bei der transkriptionellen Geninaktivierung werden die Regulationselemente der Gene durch epigenetische Veränderungen ausgeschaltet. Die post-transkriptionelle Stummschaltung resultiert aus dem spezifischen Abbau von mRNA und erfolgt überwiegend dann, wenn die mRNA vollständig komplementäre Abschnitte zu der dsRNA aufweist. Ein Abbruch der Translation ist meistens dann zu beobachten, wenn die mRNA zwar eine hohe aber keine vollständige Komplementarität zur dsRNA besitzt. Alle RNAi-Mechanismen teilen sich zwar gemeinsame Komponenten, aber in den meisten Fällen sind für die einzelnen Geninaktivierungsprozesse spezifische Mitglieder verschiedener Enzymfamilie essentiell. Zu diesen Enzymklassen zählen hauptsächlich Varianten der "Dicer"- (DCR) oder "Dicer-like"-(DCL), "Argonaute"- (AGO) und "RNA-directed RNA polymerase"- (RDR) Proteine. Pflanzen verfügen über ein vollständiges und das vielfältigste Sortiment dieser Enzyme. Darüber hinaus akkumulieren Pflanzen zahlreiche Arten kleiner regulatorischer RNAs zu denen in erster Linie "small interfering RNAs" (siRNAs), "micro RNAs" (miRNAs), "trans-acting siRNAs" (ta-siRNAs) und "natural antisense transcript siRNAs" (nat-siRNAs) zählen. Es ist deshalb naheliegend, Pflanzen als Modellsystem für die Untersuchung von RNAi-Mechanismen zu verwenden.